Hijo del poeta y diplomático del mismo nombre, Juan Guzmán pasó su infancia en Colombia, Venezuela y Estados Unidos. En 1951 volvió a Chile y dos años más tarde se trasladó a la Argentina.

Egresó de Derecho en la Universidad Católica en 1965. En 1968 conoció a Inés Watine, hija de un miembro de la Resistencia durante la Segunda Guerra Mundial, con quien se casó en 1970.

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Trabajó como juez en Panguipulli. Opositor de Allende, apoyó al principio el golpe de Estado encabezado por el general Augusto Pinochet. El año siguiente se desempeñó como juez en Santiago de Chile, donde descubrió los crímenes de la dictadura.

En 1998 investigó varias querellas contra Pinochet por homicidio en el contexto de la Operación Caravana de la Muerte, en septiembre y octubre de 1973. El 16 de octubre de 1998, Pinochet fue detenido en Londres.

En el año 2000 logró el desafuero de Pinochet (en su calidad de senador designado) en el marco de 19 delitos de secuestro permanente, a los que se sumaron otros 57 casos de homicidio, y fue procesado. Sin embargo, tiempo después la Corte de Apelaciones dejó sin efecto el procesamiento al acoger un recurso de amparo de la defensa.

Guzmán se retiró en el 2005 y publicó sus memorias "Au bord du monde. Les Mémoires du juge de Pinochet".
En mayo de 2008, se estrenó mundialmente en el Festival Internacional de Cine de San Francisco, un documental de 84 minutos sobre los intentos de Juan Guzmán por llevar a la justicia al General Augusto Pinochet. El documental se titula “El juez y el general”.